O
povoado de Palhoça foi fundado no final do século 18, quando palhoças foram
construídas para guardar farinha no caminho de tropeiros que ligava o litoral
até Lages. Em 1882, tornou-se uma freguesia com o nome de Senhor Bom Jesus de
Nazaré da Palhoça. Em 1894, foi elevada à condição de vila, com seu município
desmembrado de São José. Em 1919, Palhoça foi elevada à condição de cidade.
Durante a Guerra dos Farrapos, o território do Município de Palhoça foi palco de alguns embates entre os farroupilhas e os imperiais. Em julho de 1839, com a tomada de Laguna, pelos farroupilhas, as tropas imperiais acamparam perto do Morro dos Cavalos, atualmente no Município de Palhoça, para defender o avanço dos rebeldes até o Desterro (Florianópolis). Em 11 de setembro, a Fortaleza de Nossa Senhora da Conceição, na Ilha de Araçatuba, atualmente em ruínas, foi o palco de um levante liderado por revolucionários baianos, que atuaram na Sabinada, na Bahia, e participaram depois da Guerra dos Farrapos, durante a existência da República Juliana.
Atualmente, o Município de Palhoça é uma das principais áreas de veraneio de Santa Catarina.
