A histórica Cidade de Penedo tem origens no século 16, em um
povoado estabelecido em um terreno elevado, na margem esquerda do Rio São Francisco,
em 1560.
Foi elevado à categoria de vila, em 12 de abril de 1636, com o nome de São Francisco. Referência dada por Jaboatão, em transcrição das Memórias Diárias de Duarte de Albuquerque Coelho, na época, o donatário da Capitania de Pernambuco.
Entretanto, a instalação efetiva da condição de vila, teve que esperar até 1658, pois, em 1637, a região foi ocupada pelos holandeses, que construíram no local o Forte Maurício. Penedo foi reconquistada em em 19 de setembro de 1645, em batalha comandada por Valentim da Rocha Pita. Para comemorar a vitória, ergueu-se uma cruz de pedra no local.
Em 1660, os franciscanos fundaram, na vila, um convento e a Igreja de Santa Maria dos Anjos, onde se ensinava francês, latim e filosofia.
Segundo Jaboatão, na segunda metade do século 18, a Igreja Matriz era consagrada à Nossa Senhora do Rosário. Existia também outra igreja do Rosário da Irmandade dos Pretos e a capela de N.S. da Corrente.
Penedo foi elevada à condição de cidade em 1842. Em 1859, o Imperador D. Pedro II esteve em Penedo durante sua visita às províncias do Nordeste. Por sua localização estratégica, no Rio São Francisco, foi criada uma alfândega na Cidade, em 1867.
A Cidade guarda, hoje, grande patrimônio histórico e cultural.
